冷冻干燥是治疗性蛋白质制剂的关键工艺。作为蛋白质冻干过程中的保护剂，氨基酸需使蛋白质在冻结及后续干燥阶段所面临的多种不稳定应力下保持稳定。
研究表明，氨基酸与蔗糖、海藻糖等常用稳定剂具有相似的冻干保护作用，但其化学结构与理化性质更为多样。氨基酸在液态和固态下均能抑制蛋白质聚集，且在冷冻与干燥状态下表现出有利的理化特性，有望成为新一代蛋白质冻干保护剂。
相较于冷冻过程，冻干对溶质的特异性要求更为严格。蔗糖和海藻糖是目前常用的冻干保护剂，因为冻干过程中的稳定需要糖与蛋白质之间发生直接相互作用。
在小规模操作中，糖类足以实现蛋白质的干燥；但在大规模药物蛋白质冻干中，除糖外还需添加赋形剂，以优化冻干工艺并获得形态良好的饼状结构。部分氨基酸即用作此类赋形剂，其中甘氨酸最常见。甘氨酸在冻干过程中发生结晶，为冰晶升华提供充足空间，从而成功完成冻干并形成外观合格的饼状物，但其本身无法为干燥后的蛋白质提供稳定性保护。
组氨酸和精氨酸可通过氢键（或离子-偶极相互作用）与蛋白质结合，保护抗体免受冻干诱导的结构扰动，从而维持其干燥状态下的稳定性。研究表明，碱性氨基酸（赖氨酸、精氨酸和组氨酸）在冻干后会发生玻璃化转变，表明其至少部分以无定形态存在；但冻干后的碱性氨基酸并非无定形，仍可检测到部分晶体衍射峰。配方的pH值是影响组氨酸结晶行为的关键因素：在pH 6.0时组氨酸不易结晶，而在较高或较低pH条件下则容易结晶。推测组氨酸分子中带电与不带电咪唑基团之间的平衡状态可能调控其结晶过程。
