蛋黄卵磷脂PC比大豆卵磷脂稳定性好，具有更强的抗氧化能力，但是因其具备脂类通性，在储存过程中也极易变性，易受到光线、氧气、温度、水分等的影响。
卵磷脂在有氧且环境温度超过60℃以上的情况下，卵磷脂功能和活性可能会受到严重的氧化。且温度越高，过氧化值越高，随时间的延长，升高的幅度也越大，并能产生溶血的有毒物质—溶血磷脂。为防止卵磷脂氧化，真空结合低温贮藏可有效抑制卵磷脂的氧化。
也有研究表明，在蛋黄卵磷脂PC包装过程中若选用微胶囊化与铝箔膜等进行处理，也可增加卵磷脂的稳定性，因为光线对卵磷脂也有较大影响。
另外，磷脂还可与某些碳水化合物、蛋白质、生物碱、盐类、染料反应生成凝聚物，水溶性食用色素与卵磷脂凝聚后能与油脂掺合。因此在贮存过程中，需尽量减少与铁质容器、铁质器械等的接触，减少卵磷脂中的含水量。
卵磷脂是良好的天然表面活性剂，广泛应用于食品、医药、化妆品工业。同时在医药保健方面也有着重要的价值。卵磷脂具有乳化，分解油脂的作用，可增进血液循环，改善血清脂质，清除过氧化物。
降低血液中的胆固醇及中性脂肪的含量，减少脂肪在血管内壁的滞留时间，促进粥样硬化斑的消散，防止由胆固醇引起的血管内膜损伤。服用蛋黄卵磷脂PC对高血压和高胆固醇者具有显著功效，可预防和治疗动脉硬化。
